清遠市河流眾多，分屬珠江水系和長江水系，屬珠江水系的有北江區(qū)、桂賀江區(qū)及珠江三角洲區(qū)。其中，北江區(qū)的集雨面積最大，占全市94.7%，桂賀江區(qū)占4.12%，珠江三角洲區(qū)占0.65%，屬長江水系的洞庭湖區(qū)集雨面積最小，僅占0.5%左右。全市集雨面積100平方千米以上的河流有74條，其中集雨面積1000平方千米以上的河流有北江、連江、潖江、濱江、滃江、煙嶺河、青蓮水等。2023年，全市年降雨量1997.3毫米，折合降雨總量382.5億立方米，地表水資源量249.1億立方米，地下水資源量57.6億立方米。全市水庫年末蓄水總量9.73億立方米，其中大型水庫年末蓄水總量7.75億立方米，中型水庫年末蓄水總量1.98億立方米。全市總供（用）水量17.01億立方米，其中地表水源占98.66%，地下水占0.76%，非常規(guī)水源利用量占0.58%。全市用水消耗量為7.68億立方米。全市人均用水量426.96立方米，萬元GDP用水量80.24立方米，萬元工業(yè)增加值用水量11.88立方米，農(nóng)田灌溉畝均用水量667立方米，城鎮(zhèn)居民人均生活用水量200.76升/天，農(nóng)村居民人均生活用水量123.11升/天。